De Stichting heeft een Bestuur, bestaande uit één directeur-bestuurder. De statuten van de werkorganisatie zijn hieronder te vinden.
Drs. Gaico Frieling RA
Stichting Huisartsopleiding Nederland heeft een onafhankelijke Raad van Toezicht (RvT). De RvT ziet toe op de besturing van de werkorganisatie in lijn met missie, visie en doelstellingen van de Stichting. Daarbij gaat het om het bevorderen van de samenwerking en communicatie tussen de organen van de Stichting en anderzijds om doelmatige bedrijfsvoering en uitvoering van de projecten door de landelijke werkorganisatie Huisartsopleiding Nederland. De RvT is klankbord en werkgever van de directeur-bestuurder.
De RvT werkt op basis van een toezichtvisie.